Svou celkovou podobu změnila Lennonova zeď mnohokrát. V listopadu 2000 ji přetřeli členové umělecké skupiny Rafani na zeleno a doprostřed napsali slovo „LÁSKA“. Brzy poté ji pomalovali autoři hippiesáckého časopisu Duhovka.
V červnu 2001 Zeď přetřeli do světlých odstínů zástupci památkového úřadu pražského magistrátu. I tentokrát však bílá barva posloužila jen jako vhodný podklad pro další nápisy (mimo jiné i „Magistrát je vůl“). Pak už Zeď plnily spíše spreje a vzkazy turistů, které mnohdy s původním odkazem a Lennonovým poselstvím neměly mnoho společného.
Nejrůznější proměny Lennonovy zdi budete moct porovnat při návštěvě muzea.
.
V noci na 17. listopadu 2014, 25 let od sametové revoluce, přetřeli celou Lennonovu zeď na bílo členové umělecké skupiny Pražská služba. Uprostřed zanechali nápis „WALL IS OVER“. Přemalování vyvolalo kontroverzní reakce, prostor pro nové vzkazy však opět nezůstal dlouho prázdný.
Během následujících let v Praze nadále houstl cestovní ruch a s tím i frekvence návštěvníků u tohoto oblíbeného turistického cíle. Rozšířila se taky nabídka průvodcovských agentur, které tam přiváděly třeba skupiny mladých turistů na segwayích, někdy i po tzv. „pub crawls“. Po návštěvě barů cizinci na Zeď sprejovali často nesmyslné graffiti.
Situaci, na kterou si stěžovali místní včetně protější Francouzské ambasády, se rozhodli majitelé řešit. V říjnu 2019 zahájili opravu Lennonovy zdi. Tu zakončila v listopadu ten rok už druhá přemalba umělci kolem designéra Pavla Šťastného. Po té předchozí Zeď přetřeli členové skupiny Extinction Rebellion na bílo s nápisem „KLIMATICKÁ NOUZE“.
Listopadové přemalování nastolilo nová pravidla. Na Zeď se nesmí sprejovat a nápisy je možné psát jen na bílé plochy, tužkou nebo křídou. Od podzimu 2019 je na Velkopřevorském náměstí také zakázán busking (pouliční umělecká produkce).
Mnozí Češi si Lennonovu zeď dodnes pojí se svobodou projevu, vzdorem proti totalitě i odkazem Johna Lennona. Navzdory tomu, že místní se jí kvůli davům turistů spíše vyhýbají, 8. prosince se tu každoročně sejde mnoho lidí, kteří u pomníčku zanechají svíčku nebo s kytarou do noci hrají písně Beatles a Lennona. Jde o vzpomínku na normalizaci a mládežnický vzdor proti ní, ke kterým se dnes přidává oslava svobody, lásky a demokracie.