Setkání v prosinci 1989 proběhlo v euforické atmosféře sametové revoluce. Uspořádal ho Mírový klub Johna Lennona (dále jen “Klub”), který vznikl o rok dříve. Jako pořadatel se tam ale prezentoval i Socialistický svaz mládeže. U Lennonovy zdi se sešlo doposud nejvíce lidí. Řečníci a písničkáři tu poprvé vystoupili bez zásahů složek Státní či Veřejné bezpečnosti.
Lennonovu zeď získal zpět Řád maltézských rytířů jako součást svého paláce. Počátkem roku 1990 ze Zdi odstranili plakátovací plochy. K pozůstatkům starých nápisů se brzy přidaly vzkazy nové, tentokrát už i od zahraničních turistů. Ti Lennonovu zeď našli ve většině knižních průvodců.
Koncem 90. let se Řád maltézských rytířů rozhodl chátrající Lennonovu zeď opravit. Přestože pražský ústav památkové péče chtěl, aby zůstala bílá a obrostl ji břečťan, aby nepodněcovala vandaly ke sprejování, majitelé se rozhodli jinak. Po dohodě s Klubem chtěli nějak zachovat svobodu projevu, kterou Lennonova zeď vždy symbolizovala.
Na zrekonstruovanou Zeď pak namaloval Lennonův portrét malíř František Flašar. K němu měla být umístěna vícejazyčná cedule s výzvou, aby lidé na Zeď kreslili jen květiny.
V červenci 1998 zorganizoval Klub u Zdi malířský happening. Jeho účastníci ale kromě květin kreslili i žluté ponorky či texty písní od Beatles. Toho roku Klub taky po několikáté uspořádal výroční setkání u Zdi, během kterého vystoupila i revivalová kapela. Organizovanost však účastníkům často vadila a akcím nesvědčila. Setkání u Lennonovy zdi proto poté většinou opět probíhala spontánně.
